Služba granične sanitarne inspekcije je unutarnja ustrojstvena jedinica u Upravi za sanitarnu inspekciju koja obavlja inspekcijski nadzor nad osobama, njihovim stvarima, kao i prijevoznim sredstvima u prometu preko državne granice u cilju zaštite pučanstva od unošenja karantenskih i drugih zaraznih bolesti u Republiku Hrvatsku;
- nadzor nad zdravstvenom ispravnošću hrane i sirovina za njihovu proizvodnju, kao i nad predmetima opće uporabe;
- nad uvozom i prijevozom otrova i radioaktivnih tvari u Republiku Hrvatsku, te njihovim provozom kroz Republiku Hrvatsku;
- nad prijenosom umrlih osoba iz inozemstva u Republiku Hrvatsku;
- brine da je svaki rashod opravdan stvarnom potrebom i potvrđen prethodnom kontrolom.
Za obavljanje poslova Službe granične sanitarne inspekcije ustrojavaju se:
8.2.1. Odjel za sjeverozapadnu Hrvatsku
8.2.2. Odjel za istočnu Hrvatsku
8.2.3. Odjel za Istru i sjeverno Primorje
8.2.4. Odjel za Dalmaciju.