Odjel za zaštitu od zračenja obavlja upravno-pravne i stručne poslove te inspekcijske poslove sanitarnog nadzora nad izvorima ionizirajućih i neionizirajućih zračenja;
- poslove nadzora nad provedbom mjera zaštite profesionalno izloženih djelatnika i ostalog pučanstva od štetnog djelovanja zračenja;
- utvrđuje sanitarno-tehničke i higijenske uvjete te ovjerava usklađenost glavnog projekta s propisanim uvjetima;
- sudjeluje pri tehničkim pregledima građevina iz nadležnosti sanitarne inspekcije Ministarstva;
- prati i analizira stanje i pojave u svezi s primjenom propisa iz područja ionizirajućih i neionizirajućih zračenja te predlaže mjere za unapređenje stanja;
- sudjeluje u izradi nacrta prijedloga zakona i provedbenih propisa iz područja ionizirajućih i neionizirajućih zračenja;
- obavlja i druge poslove propisane pozitivnim propisima.