Odjel za kemikalije obavlja kontinuirano upravno-pravne i stručne poslove te poslove sanitarnog nadzora temeljem Zakona o kemikalijama („Narodne novine“ br. 150/05, 53/08), te Zakona o biocidnim pripravcima („Narodne novine 63/07, 53/08, 56/10):
- vođenje postupka stavljanja biocidnih pripravaka u promet
- izdavanje odobrenja za stavljanje biocidnih pripravaka u promet – Povjerenstvo za biocidne pripravke
- objavljivanje popisa biocidnih pripravaka kojima je izdano odobrenje za stavljanje u promet u Narodnim novinama jednom godišnje, te na web stranici ovog ministarstva
- izrada pravilnika vezanih uz Zakon o kemikalijama
- izdavanje odobrenja za proizvodnju i promet opasnih kemikalija na veliko
- izdavanje odobrenja za korištenje vrlo otrovnih kemikalija
- izdavanje odobrenja za uvoz i izvoz opasnih kemikalija
- provođenje upravnog i stručnog nadzora nad provedbom Zakona o kemikalijama i pratećih pravilnika, te Zakona o biocidnim pripravcima i pratećih pravilnika
- provođenje sanitarnog nadzora nad proizvodnjom opasnih kemikalija i prometom na veliko opasnih kemikalija, kao i nad korištenjem vrlo otrovnih kemikalija
- provođenje upravnog postupka u svezi obavljenih nadzora, kao i drugih mjera kada je ugroženo zdravlje ljudi i okoliša
- sudjelovanje u radu međunarodnih organizacija, inicijativa, agencija ( ECHA, SAICM, UNEP), kao i suradnja s nadležnim tijelima stranih država
- sudjelovanje u izradi i usklađivanju legislative na području opasnih kemikalija s europskim zakonodavstvom
- surađuje s drugim tijelima državne uprave na području zaštite zdravlja ljudi i okoliša od štetnog utjecaja kemikalija
- brine da je svaki rashod opravdan stvarnom potrebom i potvrđen prethodnom kontrolom
- obavljanje i drugih poslova sanitarnog nadzora po potrebi